1) Pollution due aux activités humaines :
Le Canal du Rhône et à Sète traverse la majorité des étangs. Malgré les berges, le canal met en communication des divers étangs, et des cours d'eau comme la Vistre, le Vidourle, le Lez ... Or, les cours d'eau sont fortement pollués. Le canal facilite la pollution des étangs. Pas exemple les eaux souillées de l'étang d'Ingril où se rejettent les eaux usées de Frontignan et les eaux industrielles de la raffineries voisine, sont drainées par le canal et rejetées dans l'étang de Thau.
Certains égoïstes ou inconscients utilisent encore de la peinture Antifooling ou TBT à base d'étain au détriment de la lagune.
Selon une étude "Ports Propres" montée par l'APOGEE (Association Pour la Gestion de l'Etang de thau et de son Environnement), sur 2300 bateaux passant dans l'étang si seulement 2 ou 3 d'entres eux sont peints avec de la peinture Antifooling, l'étang entier risque d'être contaminé.
Cette peinture nuit énormément aux huîtres et aux autres adhésifs marins (Eponges, Crustacés, Mollusques...) :
L'équivalent d'un demi-sucre en TBT détruit les larves d'huîtres et autres qui viennent se fixer sur la coque des bateaux,
L'équivalent d'un sucre en TBT déforme la coquille des huîtres (et les rend donc invendables) et élimine les adhésifs (moules, balanes...) marins sur toute l'étendue de l'étang.
Ce problème de TBT nuit donc à la production des ostréïculteurs : d'ailleurs, ils sont en train de se ressaisir puisqu'ils sortent leur bateau de l'eau après utilisation. Les ostréÏculteurs restent cependant les seconds pollueurs après les plaisanciers. Les plaisanciers continuent à utiliser cette peinture dévastatrice, le gros problème étant qu'ils utilisent très peu leur bateau dans l'année et le laisse sur l'eau le reste du temps : la peinture est alors larguée dans la lagune. Depuis 1982, les peintures antifooling sont interdites et toute personne qui en utilise risque une amende d'environ 305 € jusqu'à 76 225 €, somme modique par rapport aux ravages croissants. C'est en partie à cause des dégâts occasionnés par la peinture que l'étang de Thau a été déclassé en zone B.
2) Les pollutions naturelles.
Les phytoplanctons toxiques :
Sur l'étang de Thau, trois genres phytoplanctoniques toxiques induisant un risque potentiel pour les consommateurs de coquillages sont régulièrement recherchés dans l'eau et les coquillages dans le cadre du REPHY (Figure suivante) :
Dinophysis responsable de la toxicité à effet diarrhéique (DSP),
Alexandrium responsable de la toxicité à effet paralysant (PSP)
Il y a aussi le phénomène de la Malaïgue (Voir article).
Surveillance et réglementation :
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